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段木熟料栽培灵芝生产工序多，菌棒污染原因多，每一个生产环节不注意都有可能造成芝棒污染。坚决杜绝不严格执行操作规程，完全凭经验、想当然地进行段木灵芝生产的做法。一般而言，在品种优良，菌种生长良好，段木基质适宜，灭菌彻底，接种操作规范，培养条件适合，菌木达到生理成熟，芝棒下地及田间管理到位的条件下，就能够生产出优质的灵芝产品。所选用菌材树龄以5-20年为宜，于农历9月落叶后至翌年2月抽枝前砍伐，削平树钉截成15厘米长，装入26厘米x50厘米X0.05毫米的灵芝专用栽培袋中，注意不要让木质纤维扎穿袋子，以免造成后期污染。
灵芝包括多孔菌科灵芝属真菌赤芝Ganodermalucidum（Leyss.exFr.）Karst.或紫芝G.sinenseZhao,XuetZhang,具有补气安神、止咳平喘等功效，主治虚劳、心悸、失眠、头晕、神疲乏力、久咳气喘、冠心病、矽肺、肿瘤⑵。我国是早认识和利用灵芝的，关于灵芝扶正固本、滋补强壮的作用历代的医药学专著均有记载，两千多年前的周朝，《列子?汤问》一书中就记载了“朽壤之上，有菌者芝……煮汤沸其味清芳，饮之明目、心静、肾坚、脑清，其宝物也J《神农本草经》记载了六种灵芝:赤芝、青芝、黄芝、白芝、黒芝和紫芝，《本草纲目》更是详细的记录了灵芝的种类、药性。灵芝功效不断得到验证，对灵芝的药理作用研究也已走向世界，如美国、日本、英国等先后开展了对灵芝的药理与临床的深入研究，《美国草药药典》也正式收载了灵芝，而该药典迄今只收录十来种中药材或天然药物，足以看出全球对灵芝类药材的重视。
养菌管理先将养菌棚消毒杀菌，再将菌袋“井”字分层堆叠在农膜上，高度不宜超过1.5m，外层覆盖农膜，保持温湿度，温度控制在20—25T，湿度控制在75%以下。让菌丝快速定植、生长，灵芝菌丝从轴向长满椴面，同时向韧皮部、形成层、维管束生长。棚内保持空气新鲜，每天中午要通风1—2ho随着菌丝的生长，菌袋内氧气减少，当菌丝长满外层，可结合室内灭菌，微开袋口，进行通风、排湿、增氧，促进菌丝生长。搭棚埋棒整地搭棚。芝场要选择地势开阔，交通便利，排灌方便地块，前茬不宜选择在食用菌场，好选在水旱轮作地。搭建复式栽培棚，即外层遮阳棚和内层塑料大棚，遮阳棚采用钢管架棚结构，立柱高3.5m，拉铁丝覆盖80%遮阳网，达到4阴六阳的效果；搭建塑料大棚，采用钢管在地基上弯拱后，再覆盖上塑料薄膜，棚高2.5m，棚长30m、宽4m。每棚做畦2行，畦宽1.5m、高0.2m，长30m，畦间留0.3m走道。埋棒。菌袋内菌丝长满椴木，呈红褐色菌被，有少量菌原基突出，即可埋棒，选择在4月初，晴天将菌捆取出，畦上开沟将菌袋放入沟中，每行4个菌袋，行距12—15cm，埋土压平，土层深5cm。
入土排场管理场地选择背风、水源好、日照短的场所，搭好遮阴棚，高度要求2米以上，阴度要求五分阴五分阳，四周开排水沟，中间开厢，厢宽2.5米，长不限，厢与厢之间留30厘米人行道，把移到芝场已长好的筒料外袋撕掉，并排紧靠人行道两旁，然后用地膜覆盖防雨，在地膜上撒上细土，以不见地膜为宜，4~5天后扒开细土，撕开地膜，观察菌丝已恢复，并且相互连接时，即可把地膜全部取走，盖上细土，土高出筒料2厘米，上面撒上树枝、树叶等，此后经常喷水保湿，当气温升至18~24°C时会大量现蕾，此时可根据需要，摘除太密的菌蕾，以防灵芝开伞时形成连体芝。如需要制作特大灵芝，可加厚覆土，在需要长芝的地方让菌筒小面积裸露，用草木灰水喷洒这个部位，进行定点刺激、定点出菇，如在这个部分出现多个芝柄，即可以除小留大，选无虫害的一个芝柄。制作一个特大灵芝需要做好预算：“长脚紫芝07-6”每百公斤柴种一年可产五年，年可产1公斤干品，第二年可产2公斤干品，第三年可产1.5公斤干品，第四年可产1公斤干品，第五年可产0.5公斤干品。如果想入土当年制作一个5公斤重的灵芝，则一定要放足500公斤菌材。如果想制作更大的灵芝，那么就要考虑配方上的生物素的加足量。灵芝是，所以整个制作过程中不能用多菌灵、敌敌畏等含硫物质。如果灵芝出现害虫，可用紫外线灯于夜间灭杀，每晚灭杀4个小时即可，每50平方米放上一支紫外线灯。如菌体上已经出现害虫，那就只能用手工捉杀，或摘除出售。
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高温烧菌培养室温度太高，杂菌易生长；发菌期菌袋内温度升至32弋以上，没及时疏袋散热，造成烧袋，致使绿霉等杂菌严重感染。培菌时有两个升温关键期，一是菌种萌发覆盖料面后的迅速生长期；二是早春气温迅速升高。高温烧菌后，病害症状没及时表现出来，但由于灵芝菌丝受损严重，芝棒割袋下地后，病害很快爆发。芝棒菌丝体成熟度不足灵芝菌丝体成熟度不足，菌丝体抗性弱，芝棒下地、菌袋剪口后仍易感染杂菌。阳光暴晒菌袋菌袋覆土后，日照强烈，迅速升温，芝棚遮阳度小（甚至没有遮阳），致使菌袋菌丝体被太阳暴晒受损后感染杂菌。芝棒下地后灌水由于是不完全脱袋栽培，芝棒下地后灌水，菌木表面及菌袋内的水份不能很快从袋内蒸发出来，过高的土壤水份会切断段木菌丝的氧气供给，致使芝棒呼吸不畅窒息死亡后感染杂菌。
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