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栽培季节安排不当一是芝棒制作及接种期安排过晚（如2月以后），如春季突遇高温天气，发菌棚内温度达到40弋以上,极易“烧菌”，菌丝生理活动受到限制并逐渐死亡，各种杂菌趁机感染。二是芝棒制作及接种期安排过早（如11月以前），接种期间气温高，杂菌活跃，菌棒易感染。芝场环境污染主要是上年度染杂菌袋和出过芝的老袋以及当年污染的菌袋在房前、屋后、马路边、芝场旁边晾晒，没有及时清理销毁，致使大量霉菌孢子在空气中飞扬，造成环境污染。段木基质变质主要是装袋时气温较高，装袋后放置时间过长，没有及时灭菌；料袋灭菌时升温时间过长；段木基质水份含量过大，均可造成段木基质变性发酸等。
入土排场管理场地选择背风、水源好、日照短的场所，搭好遮阴棚，高度要求2米以上，阴度要求五分阴五分阳，四周开排水沟，中间开厢，厢宽2.5米，长不限，厢与厢之间留30厘米人行道，把移到芝场已长好的筒料外袋撕掉，并排紧靠人行道两旁，然后用地膜覆盖防雨，在地膜上撒上细土，以不见地膜为宜，4~5天后扒开细土，撕开地膜，观察菌丝已恢复，并且相互连接时，即可把地膜全部取走，盖上细土，土高出筒料2厘米，上面撒上树枝、树叶等，此后经常喷水保湿，当气温升至18~24°C时会大量现蕾，此时可根据需要，摘除太密的菌蕾，以防灵芝开伞时形成连体芝。如需要制作特大灵芝，可加厚覆土，在需要长芝的地方让菌筒小面积裸露，用草木灰水喷洒这个部位，进行定点刺激、定点出菇，如在这个部分出现多个芝柄，即可以除小留大，选无虫害的一个芝柄。制作一个特大灵芝需要做好预算：“长脚紫芝07-6”每百公斤柴种一年可产五年，年可产1公斤干品，第二年可产2公斤干品，第三年可产1.5公斤干品，第四年可产1公斤干品，第五年可产0.5公斤干品。如果想入土当年制作一个5公斤重的灵芝，则一定要放足500公斤菌材。如果想制作更大的灵芝，那么就要考虑配方上的生物素的加足量。灵芝是，所以整个制作过程中不能用多菌灵、敌敌畏等含硫物质。如果灵芝出现害虫，可用紫外线灯于夜间灭杀，每晚灭杀4个小时即可，每50平方米放上一支紫外线灯。如菌体上已经出现害虫，那就只能用手工捉杀，或摘除出售。
塑料袋质量差塑料袋太薄（0.035mm以下），质量差,段木块毛刺多，装袋、接种及运输过程中未轻拿轻放或机械破损，致使菌袋出现微孔，造成污染。 罩膜初鼓起时，未放冷气；袋破或底层袋泡水或扎口太松造成水袋；常压灭菌保持时间不够、温度不够或中间加水降至100弋以下时间太长；罩膜漏气，温度达不到要求值。接种时料温太高接种时料袋温度太高，超过菌种所能承受的温度范围，造成菌种被烫伤或烫死后不萌发并感染杂菌。培菌环境不良主要是培养室内湿度过大，通风不良，环境不洁，甚至有鼠害。个别芝农在培养室内洒水并使地面上存有积水，空气相对湿度超过70％，利于杂菌滋生。
酸、碱降解法．酸、碱降解法利用无机或有机酸、碱等破坏灵芝孢子细胞壁中几丁质、纤维素等成分的结构，使其有效成分易于溶出．使用无机酸或有机酸溶液热处理灵芝孢子提取灵芝多糖，后多糖中分子量在2000~4900Da的部分均在60%以上.物理法物理法的工作原理各异，优缺点也不相同，总体来说，物理法的能量消耗较大，且设备较为复杂、投资较大．低温冷冻法．低温冷冻法利用灵芝孢子中的水分在低温条件下结晶、结晶长大等作用破坏灵芝孢子细胞壁．例如，金刚阴在实验中将灵芝抱子在-20T反复冻融，其破壁率高达99.5%．超声波法．
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